微生物工程研究所成立于1998年，隶属于云南师范大学太阳集团1088vip，是学院最新发展起来的一个科技含量高、并向产业化发展的研究所。研究所主要进行植酸酶和各种工农业用酶生产、相关基因工程菌构建的研究。
现任所长黄遵锡博士、教授，博士生导师，为云南省科学技术后备人才，云南师范大学中青年学科带头人，伍达观奖教金一等奖、省科学技术一等奖获得者。
研究所分别通过发酵工程和分子生物学技术，实施植酸酶生产和相应基因工程菌构建、技术转让。近三年来已获科研项目4项，资助金额达300多万元。其中国家“863”计划项目《酒精生产关键技术》经费100万元、云南省科委攻关项目《中性蛋白酶基因的克隆表达与生产工艺的研究》经费120万元和省-校合作项目《耐热植酸酶基因的克隆、表达、调控及第二代高效、高产》等项目经费105万元。目前已成功实现植酸酶的技术转让多项，转让额达690万元，为国民经济建设发挥了积极的推动作用。
